Päijänteen kansallispuisto sijaitsee eteläisellä Päijänteellä. Pääosa puiston saarista on Padasjoen edustalla. Harjusaarista muodostunut Pulkkilanharju kuuluu Asikkalan kuntaan. Lisäksi puistoon kuuluu saaria Etelä-Päijänteen itäosista, mm. osa Sysmän Päijätsalosta.

Huomioithan, että suurimpaan osaan Päijänteen kansallispuistoa pääsee ainoastaan vesitse.