Under ytan ligger stenarnas och sluttningarnas rike. Moränåsar som formades under istiden böljar fram som ett tvättbräde och utgör ett utmärkt växtunderlag för olika alger, näckmossor och brunalger. Mellan stenblocken som är utspridda lite här och där känner man sig ibland som i en undervattenslabyrint.

Kvarkens grunda och smala havsområde är exceptionellt på många sätt. Läget mellan Bottenviken med sitt söta vatten och Bottenhavet med sin lite högre salthalt leder till att söt- och saltvattenarter lever sida vid sida i området. Faktum är också att för många havslevande arter är vattnet i Kvarken för sött och för många sötvattenarter är det för salt. På grund av den låga salthalten är just Kvarken det nordligaste utbredningsområdet för många havsarter.
Trådalger som drar nytta av övergödningen har erövrat utrymme från andra arter i takt med att vattnen status försämrats. Med tanke på ekosystemet är de här algerna emellertid viktiga överlevare. Trådalger kan klara förhållanden som andra växter omöjligt kan leva under och därmed erbjuda de ryggradslösa organismerna i dessa områden skydd. Lite djupare hittar man gyllene gungande blåstång. Blåstången är en av de viktigaste arterna i Östersjön, eftersom den ger många växter och djur näring och skydd. Rödalger, som klarar miljöer med mindre ljus och därför kan leva i djupare vatten än andra alger, bildar också viktiga habitat.
Kransalger växer i havsvikar och på andra skyddade platser och förmedlar viktig information om vattendragets kvalitet. Vanligast bland kärlväxterna är borst- och ålnate samt olika typer av slingor. Samhällena som de bildar är värdefulla lek- och uppväxtplatser för fiskar.
I området finns cirka 40–50 fiskarter, av vilka exempelvis kungstobisens och tångsnällans nordligaste utbredningsområde är just Kvarken. Den mest sällsynta fisken i området är den akut hotade havsharren. Den här typen av harr, som leker i brackvatten, är en endemisk art i Bottniska viken och den förekommer ingen annanstans i världen.

På våren, så fort isarna lossnat, börjar ett fascinerande naturskådespel. Oräkneliga gäddor, abborrar, idar och andra mörtfiskar samlas i Kvarkens strandvatten för att leka. Älvmynningarna samt fladorna och glona, som lekfullt kallas fiskarnas barnträdgårdar, är utmärkta lekplatser eftersom de är grunda och skyddade och deras vatten värms av vårsolen snabbare än djupare vattenområden.

Med båt