Päijänne nationalpark ligger i de södra delarna av Päijänne. Största delen av parkens öar ligger utanför Padasjoki. Pulkkilanharju som består av åsholmar hör till Asikkala kommun. Dessutom hör det holmar från Päijännes östra delar till parken, bl.a. en del av Päijätsalo i Sysmä.

Nationalparken består till största delen av holmar och skär som endast kan nås med båt.