I nationalparken finns otaliga mindre sjöar, tjärnar och bäckar samt små myrar.

I Noux nationalpark finns det mer än 80 små sjöar och tjärnar. Bland dem finns allt från tjärnar med brunt vatten omgivna av kärrmark till klara sjöar med klippstränder. De mest kända är Haukkalampi, Mustalampi, Noux Långträsk samt det värdefulla fågelvattnet Grundträsk. Sjöarna är ganska jämnt fördelade över hela parken.
Grundträsk är en näringsrik sjö som ingår i det riksomfattande programmet för skydd av fågelrika insjöar och havsvikar. Som namnet antyder är sjöns djup endast drygt en meter även på de djupaste ställena. Sjön är av naturen näringsrik och har källsprång. Grundträsk är en av de få relativt välbevarade, av naturen näringsrika sjöarna i Nyland med en mycket representativ flora och växtlighet. Särskilt under flyttningstider finns det mycket att se på sjön, t.ex. vadare och rikligt med sjöfåglar. På hösten kan man bland annat få syn på salskrakar.
I Noux finns många bäckar som strömmar året runt och mindre rännilar som regelbundet torkar ut. Parkens pulsåder är Kvarnbäcken som mynnar ut i Noux Långträsk, vars dalområde är hela parkens kärnområde, i synnerhet vad gäller naturen men delvis också vad gäller friluftslivet. Vatten strömmar till Kvarnbäcken från bland annat Parikas-sjöarna. Från Nejonögestigen kan man observera Kvarnbäcken på nära håll.
På vattnen och längs dem lever en hel del fåglar. Storlommen lever vid lite större sjöar och smålommen vid mindre sjöar och tjärnar. Man kan se fiskgjusen fiska i sjöarna, många andfåglar häckar i områdets småvatten och strömstaren övervintrar tidvis längs de större bäckarna. Av däggdjuren kan man om man har tur stöta på en utter någonstans i parken eller åtminstone se dess spår i snön.
Vattenkvaliteten i de små vattendragen i Noux är relativt god. De karga höglandssjöarna har återhämtat sig väl efter försurningen de drabbades av på 1980-talet. Numera är övergödningen ett större hot. Undvik att tvätta dig och diska med tvättmedel i vattendrag.

Finlands naturcentrum Haltia och rådgivning om friluftsliv