Växtligheten i Malla naturreservat är frodig och artrik. Detta är en följd av de för finska förhållanden ovanligt stora höjdskillnaderna, fuktigheten, som beror på Ishavets närhet, och berggrundens höga kalkhalt, som beror på de lättvittrade skiffrarna i bergvecken. De här skiffrarna härstammar från avlagringar i forna havsbotten, och de näringsämnen som avlagrades i havsbottnen står nu till fjällväxterna förfogande.

Fjällväxternas livsmiljö är mycket krävande och varierande. Temperaturen är låg även på sommaren och vegetationsperioden är kort. Vinterns snötäcke skyddar mot kölden och vindens torkande inverkan, men å andra sidan om snötäcket ligger kvar för länge blir vegetationsperioden kortare. I Kilpisjärvitrakten förekommer sammanlagt 434 kärlväxtarter. För 28 av dessa är Kilpisjärvitrakten den enda förekomstplatsen i Finland.
Sällsynta växter i Malla är fjällvede, lapsk alpros, isranunkel, fjällbinka och fjällarnika.
Fjällbjörkskogarna sträcker sig i Kilpisjärvi till en höjd på 600 - 650 meter över havsytan. Fjällbjörken är den dominerande trädarten på området, för tallen klarar sig inte så långt norrut som Kilpisjärvitrakten. De frodigaste fjällbjörkskogarna ligger på fjällen Mallas och Saanas kalkrika sluttningar och de är lundartade med sin höga örtväxtlighet. På övriga ställen är fjällbjörkskogarna kargare och fältskiktet risdominerat.
Träd klarar sig inte uppe på kalfjället, dvs. i den alpina regionen, och buskar bara med nöd och näppe. Förhärskande arter på kalfjället är därför ris och andra lågvuxna och täta arter med välutvecklade underjordiska delar. Sådana arter är t.ex. dvärgvide, fjällgröna och krypljung. I snölegor och på ängar på kalkrikt underlag utvecklas en särpräglad växtlighet. Nätvide är en dekorativ liten dvärgbuske som växer på sådana näringsrika ställen. Arter som trivs på klippväggarna är klippveronika.
Det område av kalfjället som ligger mellan fjällbjörkskogen och 950 meters höjd kallas den lågalpina regionen. Där växer ännu fjäll-en, olika buskformiga viden och blåbär. Ängsartad växtlighet finns framförallt i snölegor, i bäckdalar och under klippbranter. På ängar i den lågalpina regionen växer smörbollar och skogsnäva.
På fjällens topp på en höjd på över 900 meter finns det inte mycket kvar av hedarna utan nu är vi i kantljungens rike. Här finns också växtlighet som är typisk för snölegor med bl.a. fjällsmörblomma och olika bräckor. Fjällväxterna är att de lyckas blomma snabbt efter att snön smultit. Växterna förbereder sig för blomningen redan föregående sommar genom att bilda blomknoppar för följande år redan då.

Med båt