Nationalparkens fågelbestånd består av sjöfågel. Utöver parkens symbolfågel silvertärnan kan man också få se bl.a. svärta, tobisgrissla, havsörn, roskarl, mosnäppa eller bergand.

Vattendragen i Bottenvikens nationalpark hör huvudsakligen till det allmänna vattenområdet och fiske är tillåtet med lämpliga tillstånd. För att fiska med handredskap behöver du den nya fiskevårdsavgiften. Fiskaren bör granska fiskebegränsningarna.

Mellan och omkring öarna kan man paddla och ro. De skickligaste paddlarna vågar sig ut ända på det öppna havet. I nationalparken finns inga markerade paddlingsleder.

Useimmat rannat ovat kivisiä ja matalahkoja. Hiekkarantoja on Vähä-Huiturin ja Pihlajakarin saarissa. Selkä-Sarven saunaranta on hyvä uimiseen sopiva luonnonranta. Uinti on sallittua kaikissa kansallispuiston vesistöissä. Uit kansallispuiston vesistöissä omalla vastuullasi.