Selkämeri kattaa 160 km pitkän etelä-pohjoissuuntaisen kaistaleen lounaista rannikkoamme. Itämeren suolapitoisuus vähenee pohjoista kohden, ja Selkämerelle onkin tyypillistä suolapitoisuuden vaiheittainen muuttuminen. Vesi on matalaa ja taivas on näkyvissä väreilevän vedenpinnan läpi.

Selkämerellä kohtaavat eteläinen, mereinen lajisto ja pohjoisen vähäsuolaisuuteen sopeutunut lajisto. Eteläisen Selkämeren vedenalainen eliöstö on samankaltaista kuin Saaristomerellä, mutta pohjoisemmaksi mentäessä veden suolapitoisuus vähenee ja lajisto muuttuu mereisestä kohti makeampaan veteen sopeutunutta.

Monet mereiset vesikasvit, selkärangattomat ja kalat elävät Selkämerellä levinneisyytensä pohjoisrajoilla. Tällaisia ovat kaloista mm. mustatokko, teisti, isotuulenkala, piikkisimppu ja vaskikala, selkärangattomista hietakatkarapu ja leväkatkarapu. Sinisimpukka vähenee huomattavasti pohjoisella Selkämerellä ja meriajokasta tavataan aivan alueen eteläosissa. Toisaalta monet makean veden lajit runsastuvat vasta Selkämeren keski- ja pohjoisosissa.

Vedenalainen kasvi- ja levälajisto on Selkämerellä runsas ja monipuolinen, vaikkakin toistaiseksi vähän tutkittu ja tunnettu. Rakkolevää esiintyy runsaana koko Selkämeren alueella. Ulkosaarten rannoille se muodostaa laajoja kasvustoja jopa 8 metrin syvyydelle saakka. Rakkolevä on yksi Itämeren vedenalaisen luonnon tärkeimpiä elinympäristöjä muodostavia kasvilajeja. Tiheät rakkoleväpensaikot tarjoavat suojaa kalanpoikasille ja selkärangattomille eläimille sekä toimivat monien kalalajien kutualueina. Rakkolevä on hyvin riippuvainen puhtaista elinoloista, sillä se tarvitsee kirkasta vettä ja auringonvaloa kasvuunsa. Rehevöityminen onkin vähentänyt selvästi sen määrää Saaristomerellä ja Suomenlahdella.

Selkämerellä esiintyy runsaana toinenkin rakkolevälajimme pikkuhauru, jonka uskotaan kehittyneen jääkauden jälkeen sopeutumalla Pohjanlahden erityisolosuhteisiin. Selkämeri on näiden kahden rakkolevälajin vaihettumisvyöhykettä, sillä kapealehtinen pikkuhauru viihtyy runsaana alueen pohjoisosissa eikä sitä tavata enää Saaristomerellä. Rakkolevä sen sijaan muuttuu harvinaisemmaksi Selkämeren pohjoisosaa kohden eikä se enää menesty vähäsuolaisessa Merenkurkussa.

Monet punalevät viihtyvät ulkosaariston aallokkoisilla rannoilla, kuten monivuotiset lajit haarukkalevä, liuskapunalevä ja röyhelöpunalevä. Myös kirkkaanpunaista ruusulevää ja nukkamaista samettipunalevää esiintyy Selkämerellä. Suojaisissa, matalissa lahdissa kasvaa näkinpartaisleviä, kuten punanäkinpartaa ja mukulanäkinpartaa. Myös merinäkinruohoa esiintyy paikoin runsaasti. Suojaisempien välisaariston sokkelikoiden tyypillisiä kasveja ovat ahvenvita, ärviät, sätkimet ja karvalehti.