Kansallispuiston linnusto on merellinen. Puiston tunnuslinnun lapintiiran lisäksi saaristossa voi nähdä esimerkiksi pilkkasiiven, merikotkan, riskilän, karikukon, lapinsirrin tai lapasotkan.

Perämeren kansallispuisto kuuluu valtion vesialueisiin ja kalastaminen on sallittua soveltuvin luvin. Onkia ja pilkkiä voi jokaisenoikeudella kansallispuistoon kuuluvilla vesialueilla. Muu vapaa-ajankalastus vaatii 18-69 -vuotiailta kalastonhoitomaksun. Tarkasta tarkemmat rajoitukset ennen kalastusta.

Saarten välillä ja ympärillä voi meloa ja soutaa. Taitavimmat melojat uskaltautuvat toisinaan ulapalle asti. Kansallispuistossa ei ole merkittyjä melontareittejä.

Useimmat rannat ovat kivisiä ja matalahkoja. Hiekkarantoja on Vähä-Huiturin ja Pihlajakarin saarissa. Selkä-Sarven saunaranta on hyvä uimiseen sopiva luonnonranta. Uinti on sallittua kaikissa kansallispuiston vesistöissä. Uit kansallispuiston vesistöissä omalla vastuullasi.