Muotkatunturin erämaa-alueen monipuolinen luonto tarjoaa elinympäristön useille lintulajeille, ja sen syrjäisyys takaa rauhallisen tarkkailuympäristön. Linnusto koostuu soiden, tunturiylänköjen, paljakoiden ja havumetsävyöhykkeen lajeista. Monilla tunturilajeilla on vahva kanta Muotkatunturissa. Tällaisia lintuja ovat kiiruna, keräkurmitsa, punakuiri, tunturikihu ja pulmunen.
Erämaa-alueen yleisimmät linnut ovat pajulintu, niittykirvinen ja järripeippo. Myös lapinsirkun, punakylkirastaan ja kapustarinnan populaatiot ovat suuret alueella. Alueella havaittuja harvinaisempia, mutta ei uhanalaisia tai
direktiivilajeja ovat alli, suosirri, lapinuunilintu, kirjosiipikäpylintu ja lapinkirvinen.

Paras aika lintujen tarkkailuun Muotkatunturin erämaa-alueella on kevätkesä, jolloin muuttolinnut palaavat pesimään.