Pinnan alle sukeltava kohtaa kivien ja mäkien valtakunnan. Jääkauden muotoilemat moreeniharjanteet kumpuilevat pyykkilautamaisina tarjoten erinomaisen kasvualustan erilaisille leville, vesisammalille ja hauruille. Sinne tänne viskeltyjen kivenlohkareiden välissä tuntee toisinaan olevansa kuin vedenalaisessa labyrintissa.

Merenkurkun sijainti lähes makeavetisen Perämeren ja suolaisemman Selkämeren välillä aiheuttaa sen, että suolaisen ja makean veden lajit elävät alueella rinnakkain. Toisaalta monille meressä eläville lajeille Merenkurkun vesi on liian makeaa ja makean veden lajeille taas liian suolaista.
Rehevöitymisestä hyötyvät rihmalevät ovat vesien heikkenemisen myötä valloittaneet tilaa muilta lajeilta. Ne ovat kuitenkin ekosysteemin kannalta tärkeitä selviytyjiä. Rihmalevät voivat elää muille kasveille mahdottomissa oloissa ja tarjota siten suojaa näiden alueiden selkärangattomille eliöille. Hieman syvemmällä vastaan tulee kultaisena keinuvaa rakkohaurua. Rakkohauru on Itämeren avainlajeja, sillä se tarjoaa ravintoa ja suojapaikkoja hyvin monille kasveille ja eläimille. Tärkeitä elinympäristöjä muodostavat myös punalevät, jotka selviävät vähällä valolla ja voivat siksi elää syvemmällä kuin muut levät.
Merenlahdissa ja muissa suojaisissa paikoissa kasvaa näkinpartaisleviä, jotka antavat tärkeää tietoa vesistön laadusta. Putkilokasveista yleisimpiä ovat hapsi- ja ahvenvita sekä erilaiset ärviät. Niiden muodostamat yhteisöt ovat arvokkaita kalojen kutu- ja kasvupaikkoja.
Alueella esiintyy noin 40-50 kalalajia, joista esimerkiksi isotuulenkalan ja särmäneulan pohjoisin levinneisyysalue on juuri Merenkurkussa. Harvinaisin alueen kaloista on äärimmäisen uhanalainen meriharjus. Tämä murtoveteen kuteva harjuksen muoto on Pohjanlahden kotoperäinen laji eikä sitä esiinny missään muualla maailmassa.

Keväällä, heti jäiden sulamisen jälkeen, alkaa kiehtova luonnonnäytelmä. Lukemattomat hauet, ahvenet, säyneet ja muut särkikalat nousevat kutemaan Merenkurkun rantavesiin. Oivallisia kutupaikkoja ovat jokisuistot sekä kalojen lastentarhoiksikin kutsutut fladat ja kluuvit.