Maunu II Tavastin aikana (1412-1450) Kuusiston linnassa elettiin loistokautta. Hänen vaikutusvaltansa Turun piispana oli ylittämätön ja hän vaikutti moniin Suomea koskeviin asioihin.

Piispankronikassa Maunu II Tavastin sanotaan rakentaneen suurimman osan Kuusiston linnaa. Hänen aikanaan linna varustettiin vahvaksi kaupan ja puolustuksen tukikohdaksi: esimerkiksi päälinnan eteläosaan rakennettiin suuri nelihuoneinen palatsi sekä siipirakennuksia ja muureja korotettiin. Maunu II Tavastin aikana linnan pääsisäänkäynti siirtyi etelään maakannaksen kasvaessa maankohoamisen myötä Kuusiston saaren suuntaan. Linna oli loistonsa aikana ylellinen palatsi, jollaisesta moni ylimys saattoi vain haaveilla. Ympäröivät tilukset ja latokartano Kuusiston saarella tekivät piispan linnasta myös merkittävän ja vauraan taloudellisen keskittymän.

Piispa Hemming päiväsi vuonna 1344 kirjeensä "Datum apud curiam nostram Custu". Vuonna 1440 virkaveli Maunu II Tavast päiväsi kirjeensä puolestaan näin: "Datum in castro nostro Kusto". Kartanoa merkitsevä curian tilalle oli tullut linna, castrum, joka oli tuosta eteenpäin käytössä. Nimityksen muuttuminen heijastanee myös paikan merkityksen muuttumista.

Tuli on koetellut linnaa varmuudella ainakin kahdesti: novgorogilaiset polttivat linnan vuonna 1318 ja toinen linnan arvokkaita arkistoja tuhonnut palo tapahtui vuonna 1485. Palojen jälkeen linna kunnostettiin.

Vielä Maunu Särkilahden aikana (1489-1500) linnan rakentamista ja varustamista jatkettiin suurin kustannuksin. Tuolloin linnaa edelleen esimerkiksi korotettiin, huoneita holvattiin ja esilinnojen rakentaminen saatettiin loppuun.

Linna oli laajimmillaan 1500-luvun alussa. Lauri Suurpää, Johannes IV ja Arvid Kurki hallitsivat linnaa, jossa oli kolmikerroksinen päälinna palatseineen, kappaleineen ja taloussiipineen. Päälinnan ulkopuolella oli kolme, 5-6 metriä korkeilla muureilla varustettua esilinnaa. Torneja oli useita ja eteläisimmässä esilinnassa oli "moderni" pyöreä kymmenen metriä korkea tykkitorni. Näiden varustusten ulkopuolella meressä oli paaluvarustus vaikeuttamassa maihinnousuja.