Toisen maailmansodan jälkeinen aika toi mukanaan kaksi suurta mullistusta Lemmenjoella. Vuonna 1945 Niilo, Uula ja Veikko Ranttila löysivät Morgamojalta kultaa, mikä aloitti kultaryntäyksen Lemmenjoella. Se oli kuumimmillaan 1950-luvulla, jolloin voimassa olevien valtausten määrä lähenteli sataa. Vuosikymmenen loppua kohden kaivuu Lemmenjoella alkoi kuitenkin hiljentyä ja alkoi vuosikymmenten hiljaiselon aika.

Uudelleen kullankaivuuinnostus alkoi viritä 1970-luvulla, kun Tankavaaran kullanhuuhdonnan MM-kilpailut aloitettiin ja kultamuseo perustettiin. Vuosikymmen olikin Lemmenjoella merkittävä, sillä sen aikana vanha ja uusi kullankaivajien sukupolvi kohtasivat. Vanha polvi katosi paremmille kultamaille 1980-luvulla, kun taas uusi polvi sovelsi nestoreilta saamiaan oppeja uuteen konekaivuuseen. Uusi menetelmä mahdollisti monikertaisten maakerrosten käsittelyn ja ammattimaisemmaksi muuttunut toiminta toi elannon. Samalla se aiheutti yhteentörmäyksiä luonnonsuojelun kanssa.

Lemmenjoen kansallispuisto perustettiin 1956, mutta perustamista edelsi vajaan 10 vuoden suunnittelutyö. Suomen ensimmäiset kansallis- ja luonnonpuistot oli perustettu 1938, mutta useimmat niistä menetettiin sodassa. Niinpä vuonna 1949 maan johtavat luonnontieteelliset seurat tekivät valtioneuvostolle ehdotuksen uusien luonnonsuojelualueiden perustamisesta.

Niiden muodostamiseksi valtioneuvosto nimitti komitean, joka antoi esityksensä 1953. Osana sitä komitea ehdotti 511 neliökilometrin suuruisen kansallispuiston perustamista Lemmenjoelle. Perusteena puistolle olivat jokilaakson koskemattomina säilyneet luonnonkauniit metsät. Mukaan haluttiin myös niitä reunustavat tunturit riittävän ekologisen kokonaisuuden muodostamiseksi. Vuonna 1956 perustettu kansallispuisto oli kuitenkin lopulta vain 385 neliökilometrin laajuinen. Esimerkiksi tunnetuimat kulta-alueet jäivät vielä rajauksen ulkopuolelle.

Vuonna 1956 perustettujen puistojen jälkeenkin Suomen kansallispuistoverkkoa pidettiin edustavuudeltaan heikkona. Niinpä jo vuonna 1968 laadittiin suunnitelma Pohjois-Suomen valtionmaiden uusista suojelualueista. Osa suunnitelmaa oli Lemmenjoen laajennus, mikä toteutui 1971. Keskeinen syy laajennukselle oli Norjaan suunnitteilla ollut Övre Anárjohkan kansallispuisto ja Lemmenjoki laajenikin Norjan rajalle saakka, jolloin saatiin laaja yhtenäinen suojelualue. Nyt myös kultamaat jäivät kansallispuiston sisään.

Nykyisiin mittoihinsa kansallispuisto laajeni 1981, kun siihen liitettiin vuoden 1977 kansallispuistokomitean ehdotuksen mukaan alueita Paadarskaidissa Tirro-Angeli-tien eteläpuolella sekä Inarin ja Kittilän rajaseudun laajoja suoalueita. Laajennus aiheutti edeltäjäänsä enemmän kiistoja, sillä etenkin Paadarskaidin männiköiden suojelun koettiin uhkaavan metsureiden työpaikkoja. Komitean alkuperäistä esitystä supistettiinkin juuri Paadarskaidin suunnalla.

Kullankaivuun ja kansallispuiston yhteentörmäys tapahtui 1980–1990-lukujen taitteessa, kun koneellinen kaivuu kiihtyi ja aiheutti vesien samentumista valtausten alapuolisissa vesissä. Metsähallituksen ja kullankaivajien kiistaan haettiin ratkaisua monissa oikeuskäsittelyissä, asiaa koskevat lait ja asetukset olivat osin epäselviä. Lopulta koneellinen kaivuu kiellettiin 1991, mutta se sai jatkua jo olemassa olevilla valtauksilla, jotka muutettiin kaivospiireiksi. Vuonna 2011 uudistettu kaivoslaki lopetti konekaivuun myös niillä siirtymäajan jälkeen 2020. Lapiokaivuu jatkuu Lemmenjoella yhä.

Lemmenjoen kansallispuistossa Vaskojoen autiotuvan sauna on käyttökiellossa